Perangkat Daerah Kota Yogyakarta terdiri dari :

1. Sekretariat daerah yang dipimpin oleh Sekretaris Daerah dan bertanggung jawab kepada Walikota. Sekretariat Daerah terdiri atas:
   1. Asisten Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat yang membawahi:
      • Bagian Tata Pemerintahan;
      • Bagian Kesejahteraan Rakyat; dan
      • Bagian Hukum.
   2. Asisten Perekonomian dan Pembangunan terdiri atas:
      • Bagian Perekonomian dan Kerjasama;
      • Bagian Administrasi Pembangunan; dan
      • Bagian Pengadaan Barang dan Jasa.
   3. Asisten Administrasi Umum terdiri atas :
      • Bagian Umum dan Protokol;
      • Bagian Organisasi; dan
      • Bagian Administrasi dan Keuangan.
2. Sekretariat DPRD dipimpin oleh Sekretaris DPRD dan bertanggung jawab kepada Walikota melalui Sekretaris Daerah. Sekretariat DPRD mempunyai tugas membantu Walikota dalam melaksanakan fungsi penunjang pelayanan administrasi dan pemberian dukungan terhadap tugas dan fungsi DPRD.
3. Inspektorat dipimpin oleh Inspektur dan bertanggung jawab kepada Walikota melalui Sekretaris Daerah. Inspektorat mempunyai tugas membantu Walikota dalam membina dan mengawasi pelaksanaan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan Daerah dan tugas pembantuan oleh Perangkat Daerah.
4. Dinas Daerah dipimpin oleh Kepala Dinas yang berkedudukan di bawah dan bertanggungjawab kepada Walikota melalui Sekretaris Daerah. Dinas Daerah terdiri dari :
   1. Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pendidikan dan bidang kepemudaan dan olahraga;
   2. Dinas Kesehatan yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang kesehatan;
   3. Dinas Pekerjaan Umum Perumahan dan Kawasan Permukiman yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pekerjaan umum dan bidang perumahan dan kawasan permukiman;
   4. Dinas Pertanahan dan Tata Ruang (Kundha Niti Mandala Sarta Tata Sasana) yang menyelenggarakan urusan pemerintahan dan urusan keistimewaan bidang pertanahan dan bidang penataan ruang;
   5. Satuan Polisi Pamong Praja yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang ketenteraman dan ketertiban umum serta perlindungan masyarakat pada sub urusan ketenteraman dan ketertiban umum;
   6. Dinas Sosial Tenaga Kerja dan Transmigrasi yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang sosial, bidang tenaga kerja dan bidang transmigrasi;
   7. Dinas Pemberdayaan Perempuan Perlindungan Anak dan Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pemberdayaan perempuan dan perlindungan anak, serta bidang pengendalian penduduk dan keluarga berencana;
   8. Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang administrasi kependudukan dan pencatatan sipil;
   9. Dinas Perdagangan yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perdagangan;
   10. Dinas Perindustrian Koperasi Usaha Kecil dan Menengah yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perindustrian, bidang koperasi, usaha kecil dan menengah;
   11. Dinas Pertanian dan Pangan yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pertanian, bidang pangan, serta bidang kelautan dan perikanan;
   12. Dinas Lingkungan Hidup yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang lingkungan hidup;
   13. Dinas Komunikasi Informatika dan Persandian yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang komunikasi dan informatika, bidang persandian dan bidang statistik;
   14. Dinas Perhubungan yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perhubungan;
   15. Dinas Perpustakaan dan Kearsipan yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perpustakaan dan bidang kearsipan;
   16. Dinas Kebudayaan (Kundha Kabudayan) yang menyelenggarakan urusan pemerintahan dan urusan keistimewaan bidang kebudayaan;
   17. Dinas Pariwisata Tipe A yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pariwisata;
   18. Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang penanaman modal dan pelayanan terpadu satu pintu; dan
   19. Dinas Pemadam Kebakaran dan Penyelamatan yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang ketenteraman dan ketertiban umum serta perlindungan masyarakat pada sub urusan kebakaran
5. Badan Daerah terdiri atas:
   1. Badan Perencanaan Pembangunan Daerah yang melaksanakan fungsi penunjang bidang perencanaan dan pengendalian, serta bidang penelitian dan pengembangan;
   2. Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah yang melaksanakan fungsi penunjang bidang keuangan;
   3. Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia yang melaksanakan fungsi penunjang bidang kepegawaian, pendidikan dan pelatihan;
   4. Badan Kesatuan Bangsa dan Politik yang melaksanakan urusan pemerintahan bidang kesatuan bangsa dan politik; dan
   5. Badan Penanggulangan Bencana Daerah yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang ketenteraman dan ketertiban umum serta perlindungan masyarakat pada sub urusan bencana
6. Kemantren adalah sebutan kecamatan di wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta yang merupakan bagian wilayah dari daerah kota dan merupakan Perangkat Daerah. Kemantren terdiri atas :
   1. Kemantren Danurejan, mebawahi wilayah kerja:
      • Kelurahan Bausasran;
      • Kelurahan Suryatmajan; dan
      • Kelurahan Tegalpanggung.
   2. Kemantren Gedongtengen, membawai wilayah kerja :
      • Kelurahan Pringgokusuman; dan
      • Kelurahan Sosromenduran.
   3. Kemantren Gondokusuman, membawahi wilayah kerja:
      • Kelurahan Baciro;
      • Kelurahan Demangan;
      • Kelurahan Klitren;
      • Kelurahan Kotabaru; dan
      • Kelurahan Terban.
   4. Kemantren Gondomanan, membawahi wilayah kerja:
      • Kelurahan Ngupasan; dan
      • Kelurahan Prawirodirjan.
   5. Kemantren Jetis, membawahi wilayah kerja:
      • Kelurahan Bumijo;
      • Kelurahan Cokrodiningratan; dan
      • Kelurahan Gowongan
   6. Kemantren Kotagede, membawahi wilayah kerja:
      • Kelurahan Prenggan;
      • Kelurahan Purbayan; dan
      • Kelurahan Rejowinangun
   7. Kemantren Kraton, membawahi wilayah kerja:
      • Kelurahan Kadipaten;
      • Kelurahan Panembahan; dan
      • Kelurahan Patehan
   8. Kemantren Mantrijeron, membawahi wilayah kerja:
      • Kelurahan Gedongkiwo;
      • Kelurahan Mantrijeron; dan
      • Kelurahan Suryodiningratan.
   9. Kemantren Mergangsan, membawahi wilayah kerja:
      • Kelurahan Brontokusuman;
      • Kelurahan Keparakan; dan
      • Kelurahan Wirogunan.
   10. Kemantren Ngampilan, membawahi wilayah kerja:
       • Kelurahan Ngampilan; dan
       • Kelurahan Notoprajan.
   11. Kemantren Pakualaman, membawahi wilayah kerja:
       • Kelurahan Gunungketur; dan
       • Kelurahan Purwokinanti.
   12. Kemantren Tegalrejo, membawahi wilayah kerja:
       • Kelurahan Bener;
       • Kelurahan Karangwaru;
       • Kelurahan Kricak; dan
       • Kelurahan Tegalrejo.
   13. Kemantren Umbulharjo, membawahi wilayah kerja:
       • Kelurahan Giwangan;
       • Kelurahan Mujamuju;
       • Kelurahan Pandeyan;
       • Kelurahan Semaki;
       • Kelurahan Sorosutan;
       • Kelurahan Tahunan; dan
       • Kelurahan Warungboto.
   14. Kemantren Wirobrajan, membawahi wilayah kerja:
       • Kelurahan Pakuncen;
       • Kelurahan Patangpuluhan; dan
       • Kelurahan Wirobrajan.

Selain Perangkat Daerah, Walikota dalam melaksanakan tugas dapat dibantu Staf Ahli Walikota. Staf Ahli Walikota merupakan unsur pembantu Walikota yang mempunyai tugas memberikan rekomendasi terhadap isu-isu strategis kepada Walikota seusai pembidangan. Staf Ahli terdiri dari :

• Staf Ahli Walikota Bidang Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat;
• Staf Ahli Bidang Perekonomian dan Pembangunan; dan
• Staf Ahli Bidang Administrasi Umum.